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连锁分析（Linkage analysis）是基因定位方法之一，即根据基因在染色体上呈线性排列，不同基因相互连锁成连锁群的原理进行基因定位。连锁分析要求的实验对象为人类或其他物种的家系DNA样品。
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磁珠富集法作为一种极具有效的引物开发技术，经过磁珠富集后使克隆测序量大幅下降且使获得具有重复序列的片段的效率大幅度提高，并用荧光引物对其多态性进行验证。